理研セミナー

高度好熱菌 丸ごと一匹 プロジェクト
第5回 連携研究会

2006年8月11日(金) ～ 8月13日(日)

1.高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8 をモデル生物とした「丸ごと一匹プロジェクト」の進捗状況

放射光科学総合研究センター　放射光システム生物学研究グループ
（理研・播磨研）

2.国際連携によるモデル植物シロイヌナズナの丸ごとゲノム解析プロジェクト

篠崎一雄
（理研・PSC）

3.Multi-omics 解析による大腸菌のシステム生物学

冨田勝
（慶大・先端生）

4.細胞運命メカニズム解明のためのシグナル伝達と遺伝子発現の統合的定量解析

畠山眞里子
（理研・GSC）

5.神経シグナル伝達の物理化学モデリング

石井信
（奈良先端大・情報科学）

6.SPring-8 構造生物学ビームラインの現状

山本雅貴
（理研・JASRI）

7.哺乳類体内時計の解析と生成

上田泰己
（理研・CDB）

8.バクテリアの代謝はどこまでわかっているか

有田正規
（東大・院新領域）

9.システム生物学の研究戦略：分子生物学からのアプローチとポストゲノムからのアプローチの統合化

岡本正宏
（九大・院農）

10.転写・翻訳系のシステム生物学を目指して

横山茂之^1,2
（¹東大・院理，²理研・GSC）

11.Thermus thermophilus HB8 株由来の転写因子、cAMP レセプタータンパク質の機能

新海暁男
（理研・播磨研）

12.Thermus thermophilus HB8 アミノ酸代謝系タンパク質の構造と機能

広津建^1,2，近江理恵^1,3，宮原郁子^1,2，後藤勝^1,4
（¹大市大・院理，²理研・播磨研，³京大・化研，⁴大阪医大・生化学）

13.高度好熱菌のDNA 相同組換え：組換え修復を中心に

美川務^1,2,3，本多賢吉³，井上仁³，増田ときは³，伊藤隆⁴，柴田武彦^1,2,3
（¹理研・中央研，²理研・播磨研，³横市大・院総合理学，⁴首都大・院有機構造生物）

14.高度好熱菌のDNA 修復系のシステム生物学に向けて

増井良治^1,2，中川紀子^1,2，倉光成紀^1,2
（¹理研・播磨研, ²阪大・院理）

15.プリン・ピリミジンヌクレオチド生合成系の丸ごと解析

河合剛太^1,2，田村さと子¹，角田悟³，奥田健司³，岡田潔³，金川真由美²，馬場清喜^2,4，中川紀子^2,4，海老原章郎²，三瓶嚴一^2,3
（¹千葉工大・工，²理研・播磨研，³電通大・量子物質工，⁴阪大・院理）

16.Thermus thermophilus のタンパク質はなぜ茹だらないのか

大島泰郎
（共和化工(株) 環境微生物学研究所）

17.線虫におけるゲノム機能解析の過去・現在・未来

杉本亜砂子
（理研・CDB）

18.出芽酵母―ポストゲノムシークエンス10年間の歩み

伊藤隆司
（東大・院新領域）

19.枯草菌

小笠原直毅
（奈良先端大・情報科学）

20.From the parts to the systems; systems biology using Escherichia coli cell

森浩禎
（奈良先端大・バイオサイエンス）

21.生理機能未知酵素 Ndx8 が関わる細胞増殖制御のメタボローム解析

大賀拓史¹，大橋由明^2,6，中川紀子^1,3，増井良治^1,3，曽我朋義^2,6，富田勝^2,6，横山茂之^3,4,5，倉光成紀^1,3
（¹阪大・院理，²慶大・先端生，³理研・播磨研，⁴理研・GSC，⁵東大・院理，⁶ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ）

22.生体分子間相互作用ならびに局在の時空間挙動に関する粒子シミュレーションアプローチ

我妻竜三¹，北川哲次²，小林弘³，小長谷明彦^1,2，山本知幸⁴
（¹理研・GSC，²東工大・情報理工，³千葉大・薬，⁴北陸先端科技院大・知識科学）

23.ハイスループット結晶-構造パイプラインの構築

菅原道泰，山本等，清水勝美，淺田征彦，国島直樹
（理研・播磨研）

24.モデルチェックソフトウェアの開発

淺田征彦¹，髙秀幸^1,2，国島直樹¹
（¹理研・播磨研，²日立ソフトウェアエンジニアリング(株)）

25.ルテニウム錯体型N端標識試薬を用いた Thermus thermophilus HB8由来の複合タンパク質の解析法

伊藤彰厚^1,2，岡村高明¹，山本仁^1,2，上山憲一¹
（¹阪大・院理，²理研・播磨研）

26.In vivo directed evolutionによるハイグロマイシンリン酸化酵素の耐熱化と耐熱化酵素に関する酵素学的解析

高倉康彰¹，白木堅太郎²，星野貴行¹，中村顕¹
（¹筑波大・生命環境科学，²筑波大・数理物質科学）

27.150℃近くに変性温度をもつ超安定なCutA1蛋白質の構造特性

田中智之¹，澤野雅英¹，竹平美千代¹，小笠原京子²，坂口安史³，Bagautdin Bagautdinov¹，加藤悦子⁴，新海暁男¹，横山茂之^1,5,6，油谷克英¹
（¹理研・播磨研，²阪大・蛋白研，³日本シーベル，⁴農業生物資源研，⁵理研・GSC，⁶東大・院理）

28.異常に高い変性温度をもった P. horikoshii, T. thermophilus, O. sativa 由来CutA1タンパク質の変性と再生に関する研究

澤野雅英¹，竹平美千代¹，小笠原京子²，加藤静恵³，加藤悦子³，横山茂之^1,4,5，油谷克英¹
（¹理研・播磨研，²阪大・蛋白研，³農業生物資源研，⁴理研・GSC，⁵東大・院理）

29.エンドヌクレアーゼ MutS2 は相同組換え中間体を認識する

福井健二¹，増井良治^1,2，倉光成紀^1,2
（¹阪大・院理，²理研・播磨研）

30.高度好熱菌由来 O⁶-methylguanine-DNA methyltransferase の機能解析

森田理日斗¹，中川紀子^1,2，倉光成紀^1,2，増井良治^1,2
（¹阪大・院理，²理研・播磨研）

31.酸化傷害DNA 修復酵素MutM の反応機構の解析

富山理恵¹，中川紀子^1,2， 増井良治^1,2，倉光成紀^1,2
（¹阪大・院理，²理研・播磨研）

32.高度好熱菌由来 RecJ-like タンパク質の機能解析

若松泰介¹，中川紀子^2,3，増井良治^2,3，倉光成紀^1,2,3
（¹阪大・院生命，²阪大・院理，³理研・播磨研）

33.高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8 ヌクレオチド除去修復系の機能解析

齋藤郁美¹，中川紀子^1,2，増井良治^1,2，倉光成紀^1,2
（¹阪大・院理，²理研・播磨研）

34.高度好熱菌 RecX は SSB を介して RecA の酵素活性を阻害する

増田ときは^1,2，井上仁^1,2，神保公大郎¹，柴田武彦^1,2，美川務^1,2,3
（¹横市大・院総合理学，²理研・中央研，³理研・播磨研）

35.Functional analysis of Thermus thermophilus RecO

井上仁^1,2，本多賢吉^1,2，伊藤隆^2,3,4，柴田武彦^1,2，美川務^1,2,5
（¹横市大・院分子生物理学，²理研・中央研，³首都大・院有機構造生物，⁴CREST/JST，⁵理研・播磨研）

36.dNTP triphosphohydrolase の機能解析

近藤直幸¹，中川紀子^1,2，増井良治^1,2，倉光成紀^1,2
（¹阪大・院理，²理研・播磨研）

37.高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8 由来 dNTP triphosphohydrolase のドメインおよびサブユニット解析

妻鹿良亮¹，近藤直幸²，中川紀子^2,3，増井良治^2,3，倉光成紀^1,2,3
（¹阪大・院生命，²阪大・院理，³理研・播磨研）

38.Thermus thermophilus HB8 由来TTHA0252 の構造機能解析

石川大仁¹，中川紀子^1,2，増井良治^1,2，倉光成紀^1,2
（¹阪大・院理，²理研・播磨研）

39.古細菌型転写終結因子NusAの結晶構造解析及びRNA結合解析

房富絵美子¹，柴田理恵¹，新海暁男²，西本まどか¹，寺田貴帆^1,2，白水美香子^1,2，別所義隆^1,2，横山茂之^1,2,3
（¹理研・GSC，²理研・播磨研，³東大・院理）

40.超好熱性細菌 Aquifex aeolicus VF5由来のD-Tyr-tRNA deacylase（DTD）X線結晶構造解析

石井健¹，柴田理恵¹，房富絵美子¹，白水美香子^1,2，別所義隆^1,2，横山茂之^1,2,3
（¹理研・GSC，²理研・播磨研，³東大・院理）

41.高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8 由来 TrmH のDNA-RNA キメラ分子への結合性

越智杏奈¹，堀弘幸^1,2
（¹愛媛大・院理工，²愛媛大・ベンチャービジネスラボ）

42.好熱菌由来tRNA（グアニン-7-）-メチル化酵素は、コアドメインのみでメチル基転移活性を持つ

冨川千恵¹，堀弘幸^1,2
（¹愛媛大・院理工，²愛媛大・ベンチャービジネスラボ）

43.tRNA グアニントランスグリコシラーゼによるDNA の塩基の交換

車田光謙¹，堀弘幸^1,2
（¹愛媛大・院理工，²愛媛大・ベンチャービジネスラボ）

44.高度好熱菌のSAM デカルボキシラーゼの構造・機能およびプロ酵素の自己切断機構

古橋めぐみ^1,2，森屋利幸^1,3，三荷理一郎³，宮本哲也^1,3，大島泰郎¹，雁部匡⁴，熊坂崇⁴
（¹共和化工(株) 環境微生物学研究所，²明大・院農，³東薬大・生命科学，⁴東工大・院生命理工）

45.高度好熱菌由来HpcCの結晶構造

水谷尚志，国島直樹
（理研・播磨研）

46.Crystal structure of glucose-6-phosphate isomerase from Thermus thermophilus HB8,which exists in monomer-dimer equilibrium in solution.

山本等，三輪洋司，国島直樹
（理研・播磨研）

47.時間分割X線結晶構造解析の標的：高度好熱菌HB8由来ADP-Ribose Pyrophosphatase

甲斐健太郎^1,2，宮原郁子^1,2，中川紀子^2,3，倉光成紀^2,3，神谷信夫^1,2
（¹大市大・院理，²阪大・院理，³理研・播磨研）

48.高度好熱菌HB8 由来Thiamine-Monophosphate Kinase (ThiL) の結晶構造解析

松下千紘¹，姜美奈¹，後藤勝^1,2,3，近江理恵^1,2,4，宮原郁子^1,2，神谷信夫^1,2
（¹大市大・院理，²理研・播磨研，³大阪医大・生化学，⁴京大・化研）

49.高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8 由来TT1324 のX 線結晶解析

安部暁美¹，吉田裕美¹，神鳥成弘^1,2，上利佳弘²，金川真由美²，倉光成紀^2,3
（¹香川大・総合情報，²理研・播磨研，³阪大・院理）

50.高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8 由来TT1592 のX 線結晶解析

山田貢¹，吉田裕美¹，神鳥成弘^1,2，中川紀子^2,3，上利佳弘²，金川真由美²，倉光成紀^2,3
（¹香川大・院医，²理研・播磨研，³阪大・院理）

51.Thermus thermophilus HB8 由来PurK タンパク質の結晶構造解析

角田悟¹，奥田健司¹，馬場清喜^2,3，金川真由美²，中川紀子^2,3，河合剛太^2,4，三瓶嚴一^1,2
（¹電通大・量子物質工，²理研・播磨研，³阪大・院理，⁴千葉工大・工）

52.Aquifex aeolicus VF5 由来PurK タンパク質の結晶構造解析

金川真由美¹，馬場清喜^1,2，中川紀子^1,2，海老原章郎¹，河合剛太^1,3，三瓶嚴一^1,4
（¹理研・播磨研，²阪大・院理，³千葉工大・工，⁴電通大・量子物質工）

53.Geobacillus kaustophilus 由来PurD タンパク質の結晶構造解析

馬場清喜^1,2，金川真由美¹，中川紀子^1,2，海老原章郎¹，河合剛太^1,3，三瓶嚴一^1,4
（¹理研・播磨研，²阪大・院理，³千葉工大・工，⁴電通大・量子物質工）

54.Thermus thermophilus HB8 における遺伝子間領域の発現解析

伊藤寛啓¹，中川紀子^2,3，倉光成紀^2,3，三瓶厳一^2,4，河合剛太^1,2
（¹千葉工大・工，²理研・播磨研，³阪大・院理，⁴電通大・量子物質工）

55.高度好熱菌 Thermus Thermophilus HB8 由来ペプチドグリカン合成酵素 Mur E の X 線結晶構造解析

松崎富士郎¹，馬場裕一¹，木村誠^1,2，角田佳光^1,2
（¹九大・院農，²理研・播磨研）

56.Thermus thremophilus HB8由来 ミトコンドリアシグナルペプチド切断酵素のホモログ Zinc ProteaseのX線結晶構造解析

大塚淳¹，市原洋佑¹，永田宏次^1,2，田之倉優^1,2
（¹東大・院農生科，²理研・播磨研）

57.4 ヘリックスバンドルタンパク質TT2238 の2 つのαヘリックス（α2 とα3）間の長いループのプロテアーゼ活性による除去

永田宏次^1,2，大塚淳¹，飯野均²，海老原章郎²，田之倉優^1,2
（¹東大・院農生科，²理研・播磨研）

58.Thermus thermophilus 由来のα－アミノアジピン酸アミノ基転移酵素(LysN)の基質認識機構の解析と基質特異性の改変

宮川智治，宮崎高志，富田武郎，葛山智久，西山真
（東大・生物生産工学研究センター）

59.高度好熱菌由来4-ヒドロキシフェニル酢酸3-モノオキシゲナーゼのオキシゲナーゼ・コンポーネント(HpaB)の構造解析

金成勲¹，久野玉雄¹，竹田一旗¹，岩崎わかな¹，海老原章郎¹，三木邦夫^1,2
（¹理研・播磨研，²京大・院理）

60.フェニル酢酸の好気的代謝に関わる Paa タンパク質の結晶学的研究

木田宗志¹，飯野均²，中川紀子²，久野玉雄²，藤橋雅宏¹，喜田昭子^2,3，三木邦夫^1,2
（¹京大・院理，²理研・播磨研，³京大・原子炉）

61.ジヒドロネオプテリン・アルドラーゼの結晶構造

久野玉雄¹，中村光裕¹，瀧尾擴士¹，佐藤伸哉¹，三木邦夫^1,2
（¹理研・播磨研，²京大・院理）

62.Thermus thermophilus HB8 由来コシャペロン GrpE の結晶構造解析

内匠浩平¹，中村顕¹，三木邦夫^1,2
（¹京大・院理，²理研・播磨研）

63.高度好熱菌由来 Stationary phase survival protein SurE の４量体構造における対称性の崩れ

岩崎わかな¹，三木邦夫^1,2
（¹理研・播磨研，²京大・院理）

64.Thermus thermophilusHB8 CSP の構造機能解析代謝制御メカニズムの解明～ストレス応答からのアプローチ～

宮崎敏子，中川紀子，増井良治，倉光成紀
（阪大・院理）

65.Thermus thermophilus HB8由来ダブルα c型シトクロムの以前のデータを再評価し、膜でのタンパク質分解の一面を覗く

本波康由¹，中島広志²，高宮信三郎³
（¹東京電力，²金沢大・医，³順天堂大・医）

66.CBSドメインを有するタンパク質TTHA0829- 結晶構造とトランスクリプトーム解析に基づいた機能の推定 -

中林誠¹，柴田直樹¹，中井（石戸）恵美²，金川真由美²，中川紀子^2,3，倉光成紀^2,3，樋口芳樹¹
（¹兵庫県立大・院生命，²理研・播磨研，³阪大・院理）

67.高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8由来タンパク質TTHB029のX線結晶構造解析

今川貴仁^1,2，飯野均²，金川真由美²，海老原章郎²，倉光成紀^2,3，津下英明^1,2
（¹徳島文理大・健康科学，²理研・播磨研，³阪大・院理）

68.Thermus thermophilus HB8^T によるシリカ沈殿形成機構の解明

藤野泰寛¹，横山拓史¹，緒方靖哉²，大島敏久³，土居克実³
（¹九大・院理，²崇城大・生物生命，³九大・院農）

69.理研GSC におけるタンパク質結晶化システムの副産物

竹本千重¹，小西史一²，赤坂領吾¹，内窪友美¹，小長谷明彦²，白水美香子¹，横山茂之^1,3，村山和隆^1,4
（^1,2理研・GSC，³東大・院理，⁴東北大・先進医工）