理研セミナー

高度好熱菌 丸ごと一匹 プロジェクト
第7回 連携研究会

2008年9月13日(土) ~ 9月15日(月)



はじめに


1~10.Thermus thermophilusHB8のシステム生物学へ向けて

理研 放射光科学総合研究センター 放射光システム生物学研究グループ


11.Thermus thermophilus HB8由来 新規ペプチダーゼ複合体のX線結晶構造解析

大塚 淳1, 窪田 恵子1, 山村 昭裕1, 杜 ?1, 堀田 彰一朗1, 明 華1, 永田 宏次1,2, 田之倉 優1,2
1東大院・農生科,2理研播磨)


12.硬X線ナノビームを用いた細胞イメージング

松山智至1,藤井正輝1,三村秀和1,脇岡敏之1,志村まり2,西野吉則3,玉作賢治1,3,石川哲也3,山内和人1
1大阪大学,2国立国際医療センター,3理化学研究所)


13.機能未知タンパク質のための機能部位予測手法開発

根本航1,藤博幸1,2
1CBRC, AIST,2MiB, Kyushu Univ)


14.Wikiをもちいたデータベース設計

有田 正規
(東大院・新領域,理研・PSC,慶大・先端生命科学)


15.代謝ネットワークを原子ネットワークとみる考え方とそのポテンシャルについて

太田潤
(岡山大学)


16.メタゲノム由来ブレオマイシン耐性遺伝子のThermus における発現

小山芳典、末永 光、森 智夫、宮崎 健太郎
(産総研・生物機能工学)


18.金属イオン輸送性P1B-type ATPaseの同定と機能解析

桑原直之,鹿内弦, 小田隆, 橋本博, 中川紀子2,3, 佐藤衛, 倉光成紀2,3, 清水敏之
1横浜市大・国際総合, 2阪大・院理,3理研・播磨研)


19.高度好熱菌由来ADP リボースピロリン酸分解酵素の反応経路 - 時間分割結晶解析と反応速度解析 -

神谷信夫,甲斐健太郎,中川紀子,倉光成紀,宮原郁子
大阪市大院理,阪大院理)


20.PLP依存型酵素TTHA0173の基質認識機構

松村光義1, 後藤 勝1,2, 近江理恵1, 広津 建1,2, 水口博之3, 林 秀行3, 宮原郁子1,2
1大阪市大・院理,2理研・播磨研,3大阪医大・生化学)


21.Summary of Protein 3000 Project in the Protein Crystallography Research Group and the next perspective

Naoki Kunishima
(Protein Crystallography Research Group, RIKEN SPring-8 Center, Harima Institute)


22.SPring-8構造生物学ビームラインの現状と将来

上野 剛,平田 邦生,山本 雅貴
(理研SPring-8センター)


24.HIV 由来蛋白質の発現・可溶化を目的とした、高度好熱菌由来タグ蛋白質の探索

近藤直幸1, 2, 海老原章郎3, Heng Ru 2, 倉光成紀3, 岩本愛吉1, 松田善衛1, 2
1東京大学・医科学研究所,2中国科学院・生物物理研究所, 3理研・播磨研)


25.Thermus thermophilusにおけるアミノ酸代謝と調節

西山 真1,2,堀江 暁1,岩永直樹1,岡田卓也1,鈴木夢生1,富田武郎1
1東京大学生物生産工学研究センター,2理研播磨研)


26.Thermus thermophilusのリジン生合成におけるアミノ酸キャリアタンパク質の発見

堀江 暁1、富田 武郎1、高ひかり2、峯木 礼子2、藤村 務2、西山 千春2、葛山 智久1、西山 真1
1東大・生物生産工学研究センター、2順大・院医)


27.進化分子工学による高度好熱菌Thermus thermophilus由来 ホモイソクエン酸脱水素酵素(TtHICDH)の基質特異性の変換

鈴木夢生,朝田久仁子, 宮崎淳一, 富田武郎, 葛山智久, 西山真
(東大・生物生産工学研究センター)


28.Thermus thermophilus由来のグルタミン酸脱水素酵素の活性調節機構の解析

富田武郎、宮崎高志、宮崎淳一、葛山智久、西山真
(東大・生物生産工学研究センター)


29.Thermus thermophilusにおけるArgRレギュロンの網羅的解析と発現調節メカニズム

岩永直樹1,井手香2,長嶋剛史2,新海暁男3,富田武郎1,畠山眞里子2,倉光成紀3,葛山智久1,西山真1
1東京大学生物生産工学研究センター,2理研・基幹研究所, 3理研・放射光科学総合研究センター)


30.高度好熱菌のタンパク質合成システム

横山茂之123、別所義隆12
1理研・横浜研・生命分子、2理研・播磨研、3東大・院理)


31.古細菌tRNAメチル基転移酵素aTrm56の構造機能解析

倉谷 光央1,2、別所 義隆2,3、西本 まどか2、Henri Grosjean 4、横山 茂之1,2,3
1東大・院理、2理研・横浜研・生命分子、3理研・播磨研、4 Universite de Paris-Sud)


32.tRNAIleリシジン合成酵素TilSの反応メカニズム

倉谷 光央1,2、Yuka Yoshikawa 3、別所 義隆2、東島 今日子2、石井 健2、柴田 理恵2、Seizo Takahashi 3、油谷 克英4、横山 茂之1,2,4
1東大・院理、2理研・横浜研・生命分子、3日本女子大、4 理研・播磨研)


33.tRNAアンチコドン隣位(37位)グアノシンに連続的に働く修飾酵素群の構造解析

伊藤(後藤)桜子1,2、伊藤 拓宏1,2、石井 亮平2、武藤 裕2、別所 義隆2、横山 茂之1,2
1東大・院理、2理研・横浜研・生命分子)


34.tRNAメチル基転移酵素による非天然官能基導入

西本 まどか1、Ihsanawati 1、東島 今日子1、伊藤 桜子1,2、Saulius Klimasauskas3、別所 義隆1、横山 茂之1,2
1理研・横浜研・生命分子、2東大・院理、3 IBT Vilnius Lithuania)


35.古細菌メチル基転移酵素PH0851の結晶構造解析

疋田 泰士1,2、倉谷 光央 1,2、別所 義隆2、石井 亮平2、関根 俊一 1,2、横山 茂之1,2
1東大・院理、2理研・横浜研・生命分子)


36.マイコプラズマ・トリプトファンtRNA合成酵素の立体構造と変則遺伝暗号解読メカニズム

東島 今日子1、石井 健1、寺田 貴帆1、白水 美香子1、別所 義隆1、横山 茂之1,2
1理研・横浜研・生命分子、2理研・播磨研、3東大・院理)


38.tRNA シュードウリジン55 合成酵素TruB 遺伝子破壊株及び変異株の生育について

石田一雄, 冨川千恵, 岩下知香子, 堀弘幸1,2,3
1 愛媛大学・院理工, 愛媛大学ベンチャービジネスラボラトリー, 理研・播磨 Spring-8)


39.Thermus thremophilus 由来tRNA U54 メチル化酵素TrmFO in vitro アッセイ法の確立

山下 光輝1,岩下 知香子1,西増 弘志2,濡木 理2,堀 弘幸1, 3
1 愛媛大・院理工 物質生命工学, 東京大・医科研・基礎医科学,3 愛媛大・VBL)


40.Thermus thermophilus tRNA(m1A58)methyltransferase [TrmI] の基質認識機構

美濃地 真之1,牛尾 なつみ1,堀 弘幸1, 2
1愛媛大学・院理工・物質生命工学,2愛媛大学VBL)


41.超好熱性真正細菌 Aquifex aeolicus の推定上のtrm1遺伝子産物の性質決定

粟井貴子1、木村 聡2、Ihsanawati 3、冨川千恵1、越智杏奈、別所義隆3、横山茂之3,4、横川隆志5、鈴木 勉2、堀 弘幸1,3,6
1.愛媛大・院理工, 2.東京大・院工, 3.理研横浜・生命分子システム領域, 4.東京大・院理, 5.岐阜大・工, 6.愛媛大・VBL)


43.Thermus thermophilus の線毛伸縮に関わるとされるpilF, pilT1, pilT2 遺伝子の機能解析

常泉賢司, 玉腰雅忠, 山岸明彦
(東京薬科大学)


44.RecF, RecO, RecR 蛋白質による dsDNA-ssDNA領域の認識機構

本多賢吉1,藤澤哲郎2,柴田武彦1, 3,美川 務1, 3, 4
1横市大院・国際総合科,2岐阜大・工,3理研・基幹研,4理研・SPring-8)


45.Identification of the SSB binding site on RecO by NMR analysis

Jin Inoue1,3, Yutaka Ito2, Takehiko Shibata1,3 and Tsutomu Mikawa1,3,4
1RIKEN Advanced Science Institute, 2Department of Chemistry, Tokyo Metropolitan University, 3International Graduate School of Arts and Science, Yokohama City University, 4RIKEN SPring-8 center)


46.RecX による RecA の阻害機構の解明

伊集邦岳1,2,井上仁1,2, 増田ときは1,2, 柴田武彦1,2, 美川務1,2,3
1横浜市大院・国際総合科学、2理研・基幹研究所、3理研・Spring-8 センター)


47.古細菌由来RNAポリメラーゼのX線結晶構造解析

平田 章1,2 , Brianna J. Klein1 , 村上 勝彦
1ペンシルバニア州立大学,2愛媛大学・院理工)


48.Thermus thermophilus HB8 の DNA ミスマッチ修復システム

福井健二1,飯野均1,2,満足美穂1,2,中川紀子1,2,増井良治1,2,倉光成紀1,2
1理研・播磨研,2大阪大学・院理)


50.高度好熱菌由来RecJの機能解析

小寺 祐太郎1, 若松 泰介2, 中川 紀子1,3, 倉光 成紀1,2,3, 増井 良治1,3
1阪大・院理・生物科学,2阪大・院生命機能,3理研・播磨研)


51.RecJ-like family I タンパク質の機能解析

若松泰介1, 北村 吉章2, 中川紀子2,3, 増井良治2,3, 倉光成紀1,2,3
1阪大・院生命機能, 2理研・播磨研, 3阪大・院理・生物科学)


52.T. thermophilus HB8 由来 3’-5’ exonuclease TTHB178 の分子機能解析

島田敦広1, 中川紀子1,2, 増井良治1,2, 倉光成紀1,2
1阪大・院理・生物科学, 2理研・播磨研)


53.高度好熱菌由来 endonuclease IV の機能解析

淺野瑠一1, 中川紀子1,2, 増井良治1,2, 倉光成紀1,2
1阪大・院理・生物科学, 2理研・播磨研)


54.高度好熱菌由来DNA修復系酵素Endonuclease Vの分子機能解析

井上真男1, 中川紀子1,2, 増井良治1,2, 倉光成紀1,2
1阪大・院理・生物科学, 2理研・播磨研)


55.Thermus thermophilus HB8 由来 DNA ポリメラーゼ X の機能ドメイン解析

中根修平1, 中川紀子1, 2, 増井良治1, 2, 倉光成紀1, 2
1阪大院理・生物, 2理研・播磨研)


56.Thermus thermophilus を用いた生物界に普遍的な新規RNA 分解系の探求

石川大仁1, 中川紀子1, 2, 増井良治1, 2, 倉光成紀1, 2
1阪大院理・生物, 2理研・播磨研)


57.Thermus thermophilus HB8タンパク質の機能発見研究:β-CASPファミリーに属するRNase, TTHA1140の機能解析

大山礼雅1, 石川大仁1, 中川紀子1,2, 増井良治1,2, 倉光成紀1,2
1阪大院理・生物科学, 2理研・播磨研)


58.高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来cold shock proteinの構造機能解析

妻鹿良亮1,宮崎敏子2,新海暁男3,中川紀子2,3,増井良治2,3,倉光成紀1,2,3
1阪大・院生命機能,2阪大・院理,3理研・播磨研)


59.Thermus thermophilus HB8 由来 cold shock proteins の安定性の解析

広崎 真司1; 島田 敦広1; 妻鹿 良亮1; 中川 紀子1,2
1阪大, 2理研)


60.T. thermophilus HB8 由来 cold shock protein 2 の安定性の解析

津田 裕美1; 島田 敦広1; 妻鹿 良亮1; 中川 紀子1,2
1阪大, 2理研)


61. Thermus thermophilus HB8 由来 histone-like protein の安定性の解析

高橋 裕佳1; 西田 優也1; 島田 敦広2; 増井 良治1,2
1阪大, 2理研)


62.プリン・ピリミジンヌクレオチド生合成系の丸ごと解析

三瓶嚴一1,2,高広行1,松浦周作1,鈴木咲子3,金川真由美2,馬場清喜2,4,中川紀子2,5,海老原章郎2,河合剛太2,3
1電通大・量子物質工,2理研・播磨研,3千葉工大・工,4高輝度光科学研究センター,5阪大・院理)


63.Thermus thermophilus HB8由来PurAの結晶構造及び機能解析

高広行1,金川真由美2,北村吉章2,中川紀子2,3,海老原章郎2,河合剛太2,4,三瓶嚴一1,2
1電通大・量子物質工, 2理研・播磨研, 3阪大・院理,4千葉工大・工)


64.Sulfolobus tokodaii由来PurSタンパク質の結晶構造解析

鈴木咲子1,馬場清喜2,3,中川紀子2,4,海老原章郎2,三瓶嚴一2,5,河合剛太1,2
1千葉工大・工,2理研・播磨研,3高輝度光科学研究センター,4阪大・院理,5電通大・量子物質工)


65.T. thermophilusのポリアミン生合成経路:S-アデノシルメチオニン脱炭酸酵素の特異な性質

大島 泰郎、古橋 めぐみ1,2
1共和化工・環境微生物学研,2明治大学大学院・農学研究科)


66.高度好熱菌Thermus thermophilus HB8株由来転写因子の機能発見研究

新海 暁男
(理研 播磨研 放射光科学総合研究センター)


67.Thermus thermophilus 由来 CRP/FNRファミリー転写因子 SdrPによる グローバルな転写調節

上利佳弘
(理研 播磨研 放射光科学総合研究センター)


68.高度好熱菌Thermus thermophilus HB8におけるσE?anti-σE転写制御システム

坂本恵子
(理研 播磨研 放射光科学総合研究センター)


69.The Proteomic study of Thermus thermophilus HB8

Kwang Kim1, Toshiko Miyazaki1, Hae Seon Kim1, Noriko Nakagawa1,2, Ryoji Masui1,2 and Seiki Kuramitsu1,2
1Dept. Biol. Sci., Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.; 2Riken Harima Inst.)


70.Nudix タンパク質群の機能発見

大賀拓史1、大橋由明1、曽我朋義1,2、増井良治3,4、倉光成紀3,4
1ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ株式会社, 2應義塾大学先端生命科学研究所, 3 大阪大学大学院理学研究科 生物科学専攻, 4理研・播磨)


71.細胞壁合成に関わる酵素D-Alanine:D-Alanine ligaseの基質認識機構

北村 吉章1 広津 健1 倉光 成紀1,2
1理研播磨研 放射光システム生物学研究グループ 2阪大・院理・生物)


72.Thermus thermophilus HB8 タンパク質の機能発見研究:機能未知タンパク質Universal Stress Protein のX 線結晶構造解析

飯野均1,海老原章郎1,上利佳弘1,広津建1,倉光成紀1,2
1理研・播磨研,2阪大・院理)


73.高度好熱菌由来機能未知タンパク質TTHA1606の構造機能解析

友池史明1,若松泰介1,中川紀子2,3,増井良治2,3, 倉光成紀1,2,3
1阪大・院生命機能,2阪大・院理・生物科学,3理研・播磨/SPring-8)


74.生物間で共通する機能未知必須遺伝子gcpのThermusを用いた遺伝学的解析

中村顕、小野瀬晃由、星野貴行
(筑波大学大学院生命環境科学研究科)


75.Streptomyces hygroscopicus由来ハイグロマイシンリン酸化酵素の耐熱化と酵素学的解析

杉本直久、高倉康彰、星野貴行、中村顕
(筑波大学生命環境科学研究科)


76.大規模量子分子動力学法に基づく実験融合構造解析シミュレータの開発

畠山望,山下格,鈴木愛,Riadh Sahnoun,古山通久,坪井秀行,遠藤明,高羽洋充,Carlos A. Del Carpio,久保百司,宮本明
(東北大)


77.実験融合計算化学によるX線構造解析の新展開

山下 格,大沼宏彰,芹澤和実,鈴木 愛,Riadh Sahnoun,古山通久,坪井秀行,畠山 望,遠藤 明,高羽洋充,Carlos A. Del Carpio,久保百司,宮本 明
(東北大学)