理研セミナー

高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト
第7回連携研究会

2008年9月13日(土) ～ 9月15日(月)

はじめに

1～10.Thermus thermophilusHB8のシステム生物学へ向けて

理研放射光科学総合研究センター放射光システム生物学研究グループ

11.Thermus thermophilus HB8由来新規ペプチダーゼ複合体のX線結晶構造解析

大塚淳¹, 窪田恵子¹, 山村昭裕¹, 杜 ?¹, 堀田彰一朗¹, 明華¹, 永田宏次^1,2, 田之倉優^1,2
（¹東大院・農生科，²理研播磨）

12.硬X線ナノビームを用いた細胞イメージング

松山智至¹，藤井正輝¹，三村秀和¹，脇岡敏之¹，志村まり²，西野吉則³，玉作賢治^1,3，石川哲也³，山内和人¹
（¹大阪大学，²国立国際医療センター，³理化学研究所）

13.機能未知タンパク質のための機能部位予測手法開発

根本航¹，藤博幸^1,2
（¹CBRC, AIST，2MiB, Kyushu Univ）

14.Wikiをもちいたデータベース設計

有田正規
（東大院・新領域，理研・PSC，慶大・先端生命科学）

15.代謝ネットワークを原子ネットワークとみる考え方とそのポテンシャルについて

太田潤
（岡山大学）

16.メタゲノム由来ブレオマイシン耐性遺伝子のThermus における発現

小山芳典、末永　光、森　智夫、宮崎健太郎
（産総研・生物機能工学）

18.金属イオン輸送性P1B-type ATPaseの同定と機能解析

桑原直之^１，鹿内弦^１, 小田隆^１, 橋本博^１, 中川紀子^2,3, 佐藤衛^１, 倉光成紀^2,3, 清水敏之^１
（¹横浜市大・国際総合, ²阪大・院理，³理研・播磨研）

19.高度好熱菌由来ADP リボースピロリン酸分解酵素の反応経路 - 時間分割結晶解析と反応速度解析 -

神谷信夫^１，甲斐健太郎^１，中川紀子^２，倉光成紀^２，宮原郁子^１
（^１大阪市大院理，^２阪大院理)

20.PLP依存型酵素TTHA0173の基質認識機構

松村光義¹, 後藤勝^1,2, 近江理恵¹, 広津建^1,2, 水口博之³, 林秀行³, 宮原郁子^1,2
（¹大阪市大・院理，²理研・播磨研，³大阪医大・生化学）

21.Summary of Protein 3000 Project in the Protein Crystallography Research Group and the next perspective

Naoki Kunishima
（Protein Crystallography Research Group, RIKEN SPring-8 Center, Harima Institute）

22.SPring-8構造生物学ビームラインの現状と将来

上野剛，平田邦生，山本雅貴
（理研SPring-8センター）

24.HIV 由来蛋白質の発現・可溶化を目的とした、高度好熱菌由来タグ蛋白質の探索

近藤直幸^{1, 2}, 海老原章郎³, Heng Ru², 倉光成紀³, 岩本愛吉¹, 松田善衛^{1, 2}
（¹東京大学・医科学研究所，²中国科学院・生物物理研究所,³理研・播磨研）

25.Thermus thermophilusにおけるアミノ酸代謝と調節

西山真^1,2，堀江暁¹，岩永直樹¹，岡田卓也¹，鈴木夢生¹，富田武郎¹
（¹東京大学生物生産工学研究センター，²理研播磨研）

26.Thermus thermophilusのリジン生合成におけるアミノ酸キャリアタンパク質の発見

堀江暁¹、富田武郎¹、高ひかり²、峯木礼子²、藤村務²、西山千春²、葛山智久¹、西山真¹
（¹東大・生物生産工学研究センター、²順大・院医）

27.進化分子工学による高度好熱菌Thermus thermophilus由来ホモイソクエン酸脱水素酵素(TtHICDH)の基質特異性の変換

鈴木夢生，朝田久仁子, 宮崎淳一, 富田武郎, 葛山智久, 西山真
（東大・生物生産工学研究センター）

28.Thermus thermophilus由来のグルタミン酸脱水素酵素の活性調節機構の解析

富田武郎、宮崎高志、宮崎淳一、葛山智久、西山真
（東大・生物生産工学研究センター）

29.Thermus thermophilusにおけるArgRレギュロンの網羅的解析と発現調節メカニズム

岩永直樹¹，井手香²，長嶋剛史²，新海暁男³，富田武郎¹，畠山眞里子²，倉光成紀³，葛山智久¹，西山真¹
（¹東京大学生物生産工学研究センター，²理研・基幹研究所，³理研・放射光科学総合研究センター）

30.高度好熱菌のタンパク質合成システム

横山茂之¹²³、別所義隆¹²
（¹理研・横浜研・生命分子、²理研・播磨研、³東大・院理）

31.古細菌tRNAメチル基転移酵素aTrm56の構造機能解析

倉谷光央^1,2、別所義隆^2,3、西本まどか²、Henri Grosjean⁴、横山茂之^1,2,3
（¹東大・院理、²理研・横浜研・生命分子、³理研・播磨研、⁴ Universite de Paris-Sud）

32.tRNAIleリシジン合成酵素TilSの反応メカニズム

倉谷光央^1,2、Yuka Yoshikawa³、別所義隆²、東島今日子²、石井健²、柴田理恵²、Seizo Takahashi³、油谷克英⁴、横山茂之^1,2,4
（¹東大・院理、²理研・横浜研・生命分子、³日本女子大、⁴ 理研・播磨研）

33.tRNAアンチコドン隣位（37位）グアノシンに連続的に働く修飾酵素群の構造解析

伊藤（後藤）桜子^1,2、伊藤拓宏^1,2、石井亮平²、武藤裕²、別所義隆²、横山茂之^1,2
（¹東大・院理、²理研・横浜研・生命分子）

34.tRNAメチル基転移酵素による非天然官能基導入

西本まどか¹、Ihsanawati ¹、東島今日子¹、伊藤桜子^1,2、Saulius Klimasauskas³、別所義隆¹、横山茂之^1,2
（¹理研・横浜研・生命分子、²東大・院理、³ IBT Vilnius Lithuania）

35.古細菌メチル基転移酵素PH0851の結晶構造解析

疋田泰士^1,2、倉谷光央 ^1,2、別所義隆²、石井亮平²、関根俊一 ^1,2、横山茂之^1,2
（¹東大・院理、²理研・横浜研・生命分子）

36.マイコプラズマ・トリプトファンtRNA合成酵素の立体構造と変則遺伝暗号解読メカニズム

東島今日子¹、石井健¹、寺田貴帆¹、白水美香子¹、別所義隆¹、横山茂之^1,2
（¹理研・横浜研・生命分子、²理研・播磨研、³東大・院理）

38.tRNA シュードウリジン55 合成酵素TruB 遺伝子破壊株及び変異株の生育について

石田一雄^１, 冨川千恵^１, 岩下知香子^１, 堀弘幸^１,２,３
（¹ 愛媛大学・院理工, ^２愛媛大学ベンチャービジネスラボラトリー,^３理研・播磨 Spring-8）

39.Thermus thremophilus 由来tRNA U54 メチル化酵素TrmFO in vitro アッセイ法の確立

山下光輝¹，岩下知香子¹，西増弘志²，濡木理²，堀弘幸^{1, 3}
（¹ 愛媛大・院理工物質生命工学,^２東京大・医科研・基礎医科学,³ 愛媛大・VBL）

40.Thermus thermophilus tRNA（m1A58）methyltransferase [TrmI] の基質認識機構

美濃地真之¹,牛尾なつみ¹,堀弘幸^{1, 2}
（¹愛媛大学・院理工・物質生命工学,²愛媛大学VBL）

41.超好熱性真正細菌 Aquifex aeolicus の推定上のtrm1遺伝子産物の性質決定

粟井貴子1、木村聡²、Ihsanawati³、冨川千恵¹、越智杏奈^１、別所義隆³、横山茂之^3,4、横川隆志⁵、鈴木勉²、堀弘幸^1,3,6
（^1.愛媛大・院理工, ^2.東京大・院工, ^3.理研横浜・生命分子システム領域, ^4.東京大・院理, ⁵.岐阜大・工,^6.愛媛大・VBL）

43.Thermus thermophilus の線毛伸縮に関わるとされるpilF, pilT1, pilT2 遺伝子の機能解析

常泉賢司, 玉腰雅忠, 山岸明彦
（東京薬科大学）

44.RecF, RecO, RecR 蛋白質による dsDNA-ssDNA領域の認識機構

本多賢吉¹，藤澤哲郎²，柴田武彦^{1, 3}，美川務^{1, 3, 4}
（¹横市大院・国際総合科，²岐阜大・工，³理研・基幹研，⁴理研・SPring-8）

45.Identification of the SSB binding site on RecO by NMR analysis

Jin Inoue^1,3, Yutaka Ito², Takehiko Shibata^1,3 and Tsutomu Mikawa^1,3,4
（¹RIKEN Advanced Science Institute, ²Department of Chemistry, Tokyo Metropolitan University, ³International Graduate School of Arts and Science, Yokohama City University, ⁴RIKEN SPring-8 center）

46.RecX による RecA の阻害機構の解明

伊集邦岳^1,2，井上仁^1,2, 増田ときは^1,2, 柴田武彦^1,2, 美川務^1,2,3
（¹横浜市大院・国際総合科学、²理研・基幹研究所､³理研・Spring-8 センター）

47.古細菌由来ＲＮＡポリメラーゼのＸ線結晶構造解析

平田章^1,2 , Brianna J. Klein¹ , 村上勝彦^１
（¹ペンシルバニア州立大学，²愛媛大学・院理工）

48.Thermus thermophilus HB8 の DNA ミスマッチ修復システム

福井健二¹，飯野均^1,2，満足美穂^1,2，中川紀子^1,2，増井良治^1,2，倉光成紀^1,2
（¹理研・播磨研，²大阪大学・院理）

50.高度好熱菌由来RecJの機能解析

小寺祐太郎¹, 若松泰介², 中川紀子^1,3, 倉光成紀^1,2,3, 増井良治^1,3
（¹阪大・院理・生物科学，²阪大・院生命機能，³理研・播磨研）

51.RecJ-like family I タンパク質の機能解析

若松泰介¹, 北村吉章², 中川紀子^2,3, 増井良治^2,3, 倉光成紀^1,2,3
（¹阪大・院生命機能, ²理研・播磨研, ³阪大・院理・生物科学）

52.T. thermophilus HB8 由来 3’-5’ exonuclease TTHB178 の分子機能解析

島田敦広¹, 中川紀子^1,2, 増井良治^1,2, 倉光成紀^1,2
（¹阪大・院理・生物科学, ²理研・播磨研）

53.高度好熱菌由来 endonuclease IV の機能解析

淺野瑠一¹, 中川紀子^1,2, 増井良治^1,2, 倉光成紀^1,2
（¹阪大・院理・生物科学, ²理研・播磨研）

54.高度好熱菌由来DNA修復系酵素Endonuclease Vの分子機能解析

井上真男¹, 中川紀子^1,2, 増井良治^1,2, 倉光成紀^1,2
（¹阪大・院理・生物科学, ²理研・播磨研）

55.Thermus thermophilus HB8 由来 DNA ポリメラーゼ X の機能ドメイン解析

中根修平¹, 中川紀子^{1, 2}, 増井良治^{1, 2}, 倉光成紀^{1, 2}
（¹阪大院理・生物, ²理研・播磨研）

56.Thermus thermophilus を用いた生物界に普遍的な新規RNA 分解系の探求

石川大仁¹, 中川紀子^{1, 2}, 増井良治^{1, 2}, 倉光成紀^{1, 2}
（¹阪大院理・生物, ²理研・播磨研）

57.Thermus thermophilus HB8タンパク質の機能発見研究:β-CASPファミリーに属するRNase, TTHA1140の機能解析

大山礼雅¹, 石川大仁¹, 中川紀子^1,2, 増井良治^1,2, 倉光成紀^1,2
（¹阪大院理・生物科学, ²理研・播磨研）

58.高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来cold shock proteinの構造機能解析

妻鹿良亮¹，宮崎敏子²，新海暁男³，中川紀子^2,3，増井良治^2,3，倉光成紀^1,2,3
（¹阪大・院生命機能，²阪大・院理，³理研・播磨研）

59.Thermus thermophilus HB8 由来 cold shock proteins の安定性の解析

広崎真司¹; 島田敦広¹; 妻鹿良亮¹; 中川紀子^1,2
（¹阪大, ²理研）

60.T. thermophilus HB8 由来 cold shock protein 2 の安定性の解析

津田裕美¹; 島田敦広¹; 妻鹿良亮¹; 中川紀子^1,2
（¹阪大, ²理研）

61. Thermus thermophilus HB8 由来 histone-like protein の安定性の解析

高橋裕佳¹; 西田優也¹; 島田敦広²; 増井良治^1,2
（¹阪大, ²理研）

62.プリン・ピリミジンヌクレオチド生合成系の丸ごと解析

三瓶嚴一^1,2，高広行¹，松浦周作¹，鈴木咲子³，金川真由美²，馬場清喜^2,4，中川紀子^2,5，海老原章郎²，河合剛太^2,3
（¹電通大・量子物質工，²理研・播磨研，³千葉工大・工，⁴高輝度光科学研究センター，⁵阪大・院理）

63.Thermus thermophilus HB8由来PurAの結晶構造及び機能解析

高広行¹，金川真由美²，北村吉章²，中川紀子^2,3，海老原章郎²，河合剛太^2,4，三瓶嚴一^1,2
（¹電通大・量子物質工, ²理研・播磨研, ³阪大・院理，⁴千葉工大・工）

64.Sulfolobus tokodaii由来PurSタンパク質の結晶構造解析

鈴木咲子¹，馬場清喜^2,3，中川紀子^2,4，海老原章郎²，三瓶嚴一^2,5，河合剛太^1,2
（¹千葉工大・工，²理研・播磨研，³高輝度光科学研究センター，⁴阪大・院理，⁵電通大・量子物質工）

65.T. thermophilusのポリアミン生合成経路：S-アデノシルメチオニン脱炭酸酵素の特異な性質

大島泰郎^１、古橋めぐみ^１，２
（¹共和化工・環境微生物学研，²明治大学大学院・農学研究科）

66.高度好熱菌Thermus thermophilus HB8株由来転写因子の機能発見研究

新海暁男
（理研播磨研放射光科学総合研究センター）

67.Thermus thermophilus 由来 CRP/FNRファミリー転写因子 SdrPによるグローバルな転写調節

上利佳弘
（理研播磨研放射光科学総合研究センター）

68.高度好熱菌Thermus thermophilus HB8におけるσ^E?anti-σ^E転写制御システム

坂本恵子
（理研播磨研放射光科学総合研究センター）

69.The Proteomic study of Thermus thermophilus HB8

Kwang Kim¹, Toshiko Miyazaki¹, Hae Seon Kim¹, Noriko Nakagawa^1,2, Ryoji Masui^1,2 and Seiki Kuramitsu^1,2
（¹Dept. Biol. Sci., Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.; ²Riken Harima Inst.）